Μετά από αιώνιες συγκρούσεις, ο αυτοκράτορας Shao Kahn νίκησε επιτέλους το Raiden και τους συμμάχους του. Αντιμέτωπος με το ενδεχόμενο της εξολόθρευσής του, οRaiden αναγκάζεται να δοκιμάσει να ανατρέψει τη νίκη του Shao Kahn στο μόνο σημείο στο οποίο είναι ευάλωτος.